如何快速设计shRNA
ShRNA 的设计原则 克隆到 ShRNA 表达载体中的 ShRNA 包括两个短反向重复序列，中间由一茎环序列分隔的，组成发夹结构，由 polⅢ 启动子控制。随后在连上 5～6 个 T 作为 RNA 聚合酶 Ⅲ 的转录终止子。
设计具有两端反向重复序列的片段，插入表达载体内即可。目前有构建shRNA的试剂盒出售的。
引物不跨外显子设计也可以，但是必须保证你用的逆转录试剂盒里面的gDNA Wiper 可以完全去除你的基因组，你实验的时候可以做一个NRT的对照看一下有没有基因组污染。
在启动子下游的酶切位点下方紧连一个C，使插入片段和启动子有一定空间间隔以确保转录的发生。 ShRNA目的序列的第一个碱基必须是G以确保RNA聚合酶转录。
将退火后的双链shRNA编码序列重组于pGenesil-1质粒中，进行双酶切和测序鉴定。结果双酶切显示shRNA编码序列被成功插入pGenesil-1质粒中，测序结果证实插入片断与设计序列完全一致。
在研究circRNA功能的方法中，最经典的抑制circRNA的方法是通过RNAi的方式（shRNA）进行敲降。为了避免影响到mRNA，设计方案时需将干扰序列设计在反向剪接位点（BSS）处。
使用shRNA比siRNA的优势是什么?
虽然siRNA和shRNA都可用于蛋白沉默，但它们的作用机制有所不同。不管是长的双链RNA还是短的约21bp碱基对的双链都能够直接被转运到组织培养的细胞中。
siRNA 基因沉默子进入培养细胞，可快速有效地短暂地降低靶基因的表达。使用嘌呤酶素选择 shRNA 或 shRNA 慢***颗粒是一种达到稳定基因沉默的方法。
表达方式不同。siRNA其主要在RNAi通路中起作用，干扰特异基因的表达；shRNA常被用于RNA干扰沉默靶基因的表达。在细胞实验中，si、sh和mut通常是指不同类型的RNA干扰试剂。
定义：小分子干扰核糖核酸（英语：***all interfering RNA，缩写为siRNA），又译为小干扰核糖核酸。siRNA通常是一段长21个核苷酸的双股RNA（dsRNA），其两股分别在RNA的两端超出另一端2个核苷酸。
对siRNA的降解，可以合成修饰的双链siRNA，以提高合成中的稳定性，使用合成好的siRNA，尽量严格做到不要受RNA酶的污染。对转染来说，因为要接触血清，培养基以及细胞内酶的作用。这时，好的转染试剂作用就显现出来了。
shRNA结构和设计
1、ShRNA 的设计原则 克隆到 ShRNA 表达载体中的 ShRNA 包括两个短反向重复序列，中间由一茎环序列分隔的，组成发夹结构，由 polⅢ 启动子控制。随后在连上 5～6 个 T 作为 RNA 聚合酶 Ⅲ 的转录终止子。
2、shRNA是short hairpin RNA 的缩写。翻译为“短发夹RNA”。shRNA包括两个短反向重复序列，中间由一茎环（loop）序列分隔的，组成发夹结构，由pol Ⅲ启动子控制。随后在连上5-6个T作为RNA聚合酶Ⅲ的转录终止子。
3、在启动子下游的酶切位点下方紧连一个C，使插入片段和启动子有一定空间间隔以确保转录的发生。 ShRNA目的序列的第一个碱基必须是G以确保RNA聚合酶转录。
4、结果双酶切显示shRNA编码序列被成功插入pGenesil-1质粒中，测序结果证实插入片断与设计序列完全一致。结论所设计的shRNA编码序列被正确插入质粒骨架，成功构建了BRAF基因序列特异性的shRNA质粒载体。
5、脱氧核糖核酸携带合成RNA和蛋白质的遗传信息，并通过半保留***指导生物发展和生活技能的操作。脱氧核糖核酸由脱氧核糖、磷酸盐和碱基组成，碱基包括腺嘌呤、鸟嘌呤和胸腺嘧啶等。DNA的结构为双螺旋结构，结合非常稳定。