怎样在NCBI的primerblast里设计Q-PCR的引物?
打开NCBI上-BLAST-primer-blast网站，将上面***的mRNA编号输入序列框中，下拉选项中选择你的物种，然后在Exon junction span下拉框选择Primer must span an exon-exon junction，设置引物长度最小和最大值，然后点击Get primer。
模板（Template）在“PCRTemplate”下面的文本框，输入目标模板的序列，FASTA格式或直接用AccessionNumber。如果你在这里输入了序列，是用于引物的设计。
先下载好primer premier0软件，按注册机提示激活该软件，然后双击打开该软件。如下图示 然后进入NCBI数据库里面选择自己需要设计引物的基因，然后查找到该基因的DNA序列。
引物5’端可以修饰。引物5’端序列对PCR影响不太大，因此常用来引进修饰位点或标记物。验证引物的特异性：在“Primer Pair Specificity Checking Parameters”区，选择设计引物或验证引物时的目标数据库和物种。
PCR引物设计的11条黄金法则 引物最好在模板cDNA的保守区内设计。 DNA序列的保守区是通过物种间相似序列的比较确定的。可以使用oligo 6 或者primer5 等软件设计。
P53基因序列引物设计
1、现在你到了基因序列的网站，最下面的那一大段就是外显子2到9的序列。一般设计RT-PCR引物需要跨外显子交界，这样可以提高特异性。
2、可用primer5或oligo6设计啊，把你的序列放上去，设定参数，软件会给出很多对引物，你根据引物设计原则选着最合适的那对就ok了。
3、参考： Primer3web在线引物设计--2分钟学会步骤极简的引物设计！ - 哔哩哔哩 （bilibili***） 寻找基因序列 以human p53为例进行引物设计。
4、首先对p53序列进行酶切位点预测（常用的DNAstar中的Seqbulider就可以完成）。这下你就知道了p53基因中具有哪些酶切位点，不含哪些酶切位点了。
5、这里检测所用的引物和平时做PCR检测mRNA表达的引物是不同的，这里的PCR产物必须覆盖基因编辑的位置，且产物要足够长，至少500 bp。
6、特异的P53引物，克隆出这个基因 然后凝胶电泳分离纯化PCR产物；然后将该PCR产物插入到带有抗性的大肠杆菌质粒中。涂板后，筛选阳性克隆数个，再用酶切作鉴定，找到合适的质粒；最后再将该质粒进行测序。确定该质粒无突变。
在线设计引物网站有哪些-如何快速设计shRNA
1、如果你的引物设计在了跨两个外显子的区域，则只能扩增cDNA而不扩增基因组。
2、基因研究中，敲除基因，研究该基因的功能是最常用的套路。一般 ShRNA 可通过 RNA 干扰来抑制基因的表达， 是基因研究中必不可少的环节。下面就主要围绕设计 ShRNA 引物序列，手把手教你构建 ShRNA 质粒，轻松敲基因。
3、没有书籍。自己上google搜索这些PCR设计的关键字，看几篇文献就好了。百度文库里就有很多，你先看看普及下基础。
4、首先是实验设计 详情见：CRISPR-Cas9基因敲除sgRNA设计 ***s：// sgRNA的合成和投递有两种方式：A）PCR；B）单独的sgRNA的表达质粒。
如何设计sybrgreen法荧光定量pcr引物
1、利用 NCBI 数据库，查询基因的序列。登录 NCBI 官方主页： ***：//。在栏目项中选择“Gene”，关键词输入“IL6 homo”，具体如下所示，点击“Search”。
2、先选择好探针，然后设计引物使其尽可能的靠近于探针。2， 扩增子的长度应不超过400bp，理想的最好能在100－150bp内，扩增片断约短，有效的扩增反应就越容易获得。
3、pcr扩增中，如何设计引物？引物5撇端可以修饰。引物3撇端不可修饰。引物3撇端要避开密码子的第3位。引物设计需要注意的地方很多，在大多数情况下，我们都是在知道已知模板序列时进行PCR扩增的。
4、做Real Time时，用于SYBR Green I法时的一对引物与一般PCR的引物，在引物设计上所要求的参数是不同的。引物设计的要求：1）避免重复碱基，尤其是G.2）Tm=58-60度。
5、因此，SYBR Green I的荧光信号强度与双链DNA的数量相关，可以根据荧光信号检测出PCR体系存在的双链DNA数量。
6、引物二聚体和非特异性扩增问题可以通过 熔解曲线 （Melting curve） 进行识别，进而通过 PCR引物的设计和反应条件的优化 得以解决。总的来说，SYBR Green I方法是一种最基础也最常用的Real-time qPCR实验手段。
如何设计primer-如何如何使用primerprimer设计引物
选择上方的红蓝双向箭头的按钮进行引物设计，在设计开始前可以更改设计的参数，包括搜索的碱基范围、引物的长度，碱基数，设计结果显示的引物对数等。设置完参数后，点击下方的Search，软件开始分析设计，完成后，点击OK。
首先得下载安装一个primer5 的软件，网上百度搜索后即可下载获得 点击File下拉菜单，选择New，然后选择DNA Sequence 从word文件中copy目标序列，然后control+V到primer5的文本框中，选择As is，点击OK。
先下载好primer premier0软件，按注册机提示激活该软件，然后双击打开该软件。如下图示 然后进入NCBI数据库里面选择自己需要设计引物的基因，然后查找到该基因的DNA序列。
你设计的引物是否有用？在做实验之前可以做一个电子PCR qPCR引物设计+在线验证 方法一：NCBI上-probe 之前NCBI上有一个probe选项可以直接设计引物，上面会给出上下游序列。
设定Sense primer和Antisense primer的范围及PCR产物大小范围——设定引物长度（primer length）——Automatic——OK——Search complete后点OK——在Search Results里选择引物对。
设计引物的方法如下：引物长度一般在15-30bp。引物长度一般为15-30bp，常用的为18-27bp，但不应大于38bp，因为过长会导致其延伸温度大于74℃，不适于Taq DNA聚合酶进行反应。引物GC含量一般为40%-60%。
探针设计在线-如何实现原位杂交之探针设计
1、原位杂交探针长度是100-400nt。用于原位杂交的探针可以是单链或双链DNA，也可以是RNA探针。通常探针操作的长度以100-400nt为宜，过长则杂交率减低。
2、在设计时，可依据图上三种指标的信息选取序列，如果觉得合适，可点击Tm图块上左下角的Upper按钮，选好上游引物，此时该按钮变成，表示上游引物已选取好。下游引物的选取步骤基本同上，只是按钮变成Lower。
3、你要检测的片段你一定知道吧？让试剂公司给你合成就行啦！要是当做一个问题回答的话就更简单啦！把你要检测的片段用DnaseⅠ进行部分酶切，然后在用带有标记的dNTP进行DNA合成补齐缺口，这样带有标记的探针就合成了。
4、原位杂交是应用核酸探针与组织或细胞中的核酸按碱基配对原则进行特异性结合形成杂交体，然后应用组织化学或免疫化学方法在显微镜下进行细胞内定位或基因表达的检测技术。
5、荧光素标记的dUTP也可通过切口平移法和PCR反应掺入DNA探针。②寡聚核苷酸探针。于寡聚核苷酸3′端加上一段由荧光素标记的dUTP短尾便成探针。反应产生的短尾具有较高灵敏度而又不影响杂交的严格性。③RNA探针。